Основные направления методической работы колледжа:
Организация научно-педагогической деятельности преподавателей на основе разработки и внедрения в учебный процесс эффективных методов, приемов и средств обучения для качественной подготовки медсестер, фельдшеров, акушерок, фармацевтов, лаборантов, зубных врачей и зубных техников.
Организация квалифицированной методической помощи преподавателям в организации и  проведении учебного процесса.
Изучение, обобщение и распространение передового педагогического опыта.
Методическая служба Кызыл-Кийского медицинского колледжа имеет следующие подразделения:
работа методсовета
работа  «Школы начинающего преподавателя»и (ШНП)
работа  «Школы повышения педагогического мастерства» (ШППМ), в рамках которой проводятся проблемные семинары, методические дни с посещением и анализом открытых уроков
работа цикловых комиссий

Состав метод Совета определяется педсоветом и закрепляется приказом директора. В состав метод Совета входят: директор, зам. директора по УВР, заведующие практикой, методисты, заведующие отделениями, руководители циклов, старший куратор, организатор.
Заседания метод Совета проводятся 1 раз в 2 месяца и чередуются с заседаниями педсовета.
Рекомендации метод Совета вырабатываются коллегиально,  вывешиваются на стенде в метод кабинете и доводятся до сведения всех преподавателей. 
На заседаниях метод Совета обязательно рассматриваются вопросы реформирования образования и здравоохранения. Так, например, на заседаниях метод совета рассматривались вопросы: «Осуществление связи образовательного процесса в колледже с практическим здравоохранением в свете государственной программы реформирования здравоохранения КР «Ден соолук», «Перспективы развития среднего профессионального образования в КР (Стратегия развития образования в КР до 2020 года)»
С целью оказания помощи преподавателям, только начинающим свою педагогическую деятельность, метод кабинет организовал работу «Школы начинающего преподавателя» (ШНП), занятия которой проводятся согласно утвержденного учебной частью плана работы 1 раз в 2 месяца.
    В настоящее время в колледже трудятся15  начинающих преподавателей, педагогический стаж которых менее 3-х лет и с каждым из них ведется постоянная работа со стороны методистов, зам.директора по УВР, руководителей циклов и наставников. За каждым начинающим преподавателем закреплен наставник - более опытный преподаватель из того же цикла, который оказывает ему систематическую повседневную помощь в организации учебного процесса. Все начинающие преподаватели 3 года посещают занятия ШНП, где получают основы педагогических и психологических знаний, основы методики преподавания предмета, решают возникшие педагогические проблемы. 

С целью совершенствования  и роста педагогического и методического мастерства преподавателей в колледже организована работа «Школы повышения педагогического мастерства» (ШППМ), основными задачами которой являются:
1. Знакомство преподавателей с новейшими знаниями в области педагогики и психологии.
2. Побуждение преподавателей к поиску и выбору наиболее эффективных форм и методов, приемов и средств обучения
3. Раскрытие возможностей передовых форм и методов работы в реальном педагогическом процессе.
4. Организация обмена опытом и распространение передового педагогического опыта.
В рамах школы проводятся проблемные семинары направленные на решение общеколледжной проблемы., актуальные вопросы образования и воспитания.
     С целью совершенствования педагогического мастерства и обмена опытом проводятся методические дни с организацией и проведением открытых уроков и последующим их анализом.
В колледже функционируют 8 цикловых комиссий, которые курируют работу преподавателей цикла по написанию УМК, методразработок занятий,  тестов для текущего и рубежного контроля знаний студентов и другой учебно-методической документации преподавателей, организуют обмен опытом, создают условия для роста методического и педагогического мастерства преподавателей.

Список цикловых комиссий:
   Терапевтический цикл  (руководитель Хамитова М.М.)
   Акушерско- хирургический цикл  (руководитель Кубатова А.К.)
   Педиатрический цикл  (руководитель Муминжанова Х.М.)
   Сестринский цикл (руководитель Байбалаева З.К.)
   Общемедицинский цикл  (руководитель Жаанбаева А.Ж.)
   Стоматологический цикл  (руководитель Ахмедова К.М.)
   Гуманитарный цикл  (руководитель Жолоева З.А.)
   Естественно-математический цикл (руководитель Дуйшеева М.А.)